目前，对微波消解仪加热机理的探讨很多，大多数都是从传统的电磁波物理学理论出发对其加以解释的，可简单地描述如下：分子在微波的辐射下(电场的作用下) ，转向偶极矩发生变化，由於摩擦产生热量。在微波加热的情况下，热量来自分子本身，这和传统的加热方式--热量来自热源并经过物质的热传导有明显的区别。微波加热具以下显著的特点：

1) 和传统的加热方式相比，所用有机溶剂更少，甚至可以不采用有机溶剂

2) 热传导、对流性质不好的物质可以在短时间内的以加热，均匀性更好；

3) 可以对目标物“选择性” 地进行加热，加热效率高、更节省能量；

4) 可以对热损失系数较大的物质选择性地进行加热；

5) 热传导较差和几何形状不规则的物质可以在短时间内得以加热；

6) 可以通过感应器来对温度进行控制，反应自动化程度得以提高；

7) 密闭加热，可以进行有压力反应和排除空气干扰。